自身抗體的動態水平變化有助于自身免疫肝病的病情評價、臨床分型及指導治療。自身免疫肝病包括自身免疫性肝炎、原發性膽汁性肝硬化和原發性硬化性膽管炎。
1．自身免疫性肝炎
可出現抗核抗體、抗平滑肌抗體、抗線粒體抗體、抗肝細胞溶質抗原I型抗體、抗可溶性肝抗原抗體，其中抗核抗體、抗平滑肌抗體在自身免疫性肝炎中比較常見。抗可溶性肝抗原抗體對自身免疫性肝炎具有很高的特異性，病毒性肝炎患者抗可溶性肝抗原抗體陰性。
2．原發性膽汁性肝硬化
抗線粒體抗體對于原發性膽汁性肝硬化的診斷意義重大，94%患者可檢測到抗線粒體抗體。抗線粒體抗體有4種常見亞型，其中第二型是原發性膽汁性肝硬化最靈敏、最特異的診斷標志。
3．原發性硬化性膽管炎
70%原發性硬化性膽管炎患者出現核周型抗中性粒細胞胞質抗體，但沒有特異性。