是通過和順式因子的互作來實現的。這段序列可以和轉錄因子的DNA結合域實現共價結合，從而對基因的表達起抑制或增強的作用。
目前，人工轉錄因子（Artificial Transcription Factor，ATF）的構建已用于轉錄因子的生物學功能研究中起到重要作用。ATF是指將不同的DNA結合結構域與效應結構域組合在一起，人為地構建具有新的序列特異性與作用效果的轉錄因子 ，在基礎研究、藥物設計以及基因治療等領域得到了廣泛研究，目前研究較多的ATF主要為C2H2型鋅指結構。
