在觀察中電子束長時間轟擊生物醫學樣品標本，必會使樣品污染或損傷。所以對有診斷分析價值的區域，若想長久地觀察分析和反復使用電鏡成像結果，應該盡快把它保留下來，將因為電子束轟擊生物醫學樣品造成的污染或損傷降低到最小。此外，熒光屏上的粉質顆粒的解像力還不夠高，尚不能充分反映出電鏡成像的分辨本領。將影像記錄存儲在膠片上照相，便解決了這些問題。
照相室處在鏡筒的最下部，內有送片盒（用于儲存未曝光底片）和接收盒（用于收存已曝光底片）及一套膠片傳輸機構。電鏡生產的廠家、機型不同，片盒的儲片數目也不相同，一般在20～50片/盒左右，底片尺寸日本多采用82.5mm×118mm，美國常用82.5mm×101.6mm，而歐州則用90mm×120mm。每張底片都由特制的一個不銹鋼底片夾夾持，疊放在片盒內。工作時由輸片機構相繼有序地推放底片夾到熒光屏下方電子束成像的位置上。曝光控制有手控和自控兩種方法，快門啟動裝置通常并聯在活動熒光屏板的扳手柄上。電子束流的大小可由探測器檢測，給操作者以曝光指示；或者應用全自動曝光模式由計算機控制，按程序選擇曝光亮度和最佳曝光時間完成影像的拍攝記錄。
現代電鏡都可以在底片上打印出每張照片拍攝時的工作參數，如：加速電壓值、放大率 、微米標尺、簡要文字說明、成像日期、底片序列號及操作者注解等備查的記錄參數。觀察室與照相室之間有真空隔離閥。以便在更換底片時，只打開照相室而不影響整個鏡筒的真空。