WHO專家會建議的診斷原則是：
1、從新鮮糞便標本中查到吞噬有紅細胞的滋養體，或從腸壁活檢組織中查到滋養體是本病確診的可靠依據。
2、從糞便標本中僅查到1-4個核包囊或腸腔型滋養體，應報告為溶組織內阿米巴、迪斯帕內阿米巴感染。此時即使患者有癥狀，亦不能據此得出腸阿米巴病的診斷，應根據流行病學史、血清抗體檢測、糞抗原檢測或PCR檢測證實感染蟲株確屬溶組織內阿米巴后，診斷才能確立。否則必須尋找引起腹瀉的其他原因。
3、在有癥狀患者的血清中若能查到高滴度的阿米巴抗體，亦是本病診斷的有力證據。
