(1)傳染源：隱孢子蟲病人的糞便和嘔吐物中含大量卵囊，多數患者在癥狀消退后仍有排出，可持續數天至5周，是主要的傳染源，而健康帶蟲者和恢復期帶蟲者也是重要的傳染交叉試驗證實，牛、羊、貓、犬和兔等動物的隱孢子蟲卵囊亦可感染人，成為畜牧地區和農村要動物源性傳染源。
(2)傳播途徑：隱孢子蟲病的傳播主要是經“糞→口”途徑，通過人→動物，人→人和人境(包括水源、食物源和空氣源)之間的接觸而誤食了隱孢子蟲卵囊而受到感染。在病人的糞便中含有大量的卵囊，含有卵囊的糞便通過污染水源、食物和環境等經口進入人體而感在擁擠的家庭、幼兒園或托兒所以及醫院接觸傳播率也很高，同性戀者口交、肛交行為（特別是在艾滋病患者)也是感染隱孢子蟲的重要途徑，痰中有卵囊者可通過飛沫傳播。
隱孢子蟲對臭氧和加氯消毒有很強的抵抗力。一般自來水廠的加氯消毒基本無效，隱蟲比其他寄生蟲更易突破供水系統的過濾和消毒環節而造成隱孢子蟲病的水源性暴發。英等國均有水源污染引起暴發流行的報道，如只有6萬人口的美國佐治亞州的一個小鎮，有1人發生了胃腸炎，其中39%的人糞檢卵囊陽性，1993年威斯康星州161萬人的密爾沃基市40.3萬人感染，旅游者亦常通過飲用污染的水源而造成暴發流行。