類病毒會引起植物基因序列的甲基化，引起轉錄的失敗。并且更多的證據表明其能誘導RNA沉默。
有證據表明，當類病毒環狀RNA在復制形成雙鏈中間體的時候，會被類似于核糖核酸酶Ⅲ的Dicer 酶切割成大小約為21～23bp的雙鏈小干擾RNA（small- interfring RNA，siRNA），并與其他因子結合形成RNA誘導沉默復合體（RNA induced silencing complex，RISC），激活的RISC通過堿基配對定位到同源mRNA上，阻斷特定基因的表達。
