大便后，使用潔凈容器取糞便表面未被污染部分，密封送檢。
將新鮮大便直接涂抹在潔凈的玻片上，糞便不可稀釋以防細菌變形。標本務求新鮮，涂片厚薄適宜。
鏡檢 染色技術是診斷準確成功的關鍵，革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌要對比鮮明。鏡檢時應將涂片視野全面觀覽，切不可看幾個視野就計數或報告。
觀察菌群涂片首先要總覽細菌總數。了解涂片上細菌的數量是增多還是減少，有無優勢菌或真菌。細菌總數過多的情況較少見或不易引起重視。菌群失調時細菌總數多在正常、減少或消失。
