糠秕孢子菌毛囊炎主要應與細菌性毛囊炎、尋常型痤瘡、丘疹型皮膚念珠菌病、嗜酸性膿皰性毛囊炎等疾病相鑒別。
細菌性毛囊炎由細菌引起，起病急，病程較短。損害為紅色毛囊丘疹，頂端迅速化膿，周圍繞以紅暈，主要有癢痛感。尋常型痤瘡慣發于顏面部、上胸與背部，典型有黑頭損害。丘疹型皮膚念珠菌病損害外觀似糠秕孢子菌毛囊炎，但前者半球形丘疹頂端常伴圈狀脫屑，患者多為體胖嬰幼兒。直接鏡檢可見假菌絲和芽孢。嗜酸性膿皰性毛囊炎為原因不明的毛囊丘疹膿皰性損害。男性為主，伴有周圍血中嗜酸粒細胞顯著升高，可達40%。口服或外用皮質激素有效。