優點：
1、不在水中引進雜質，水的物化性質基本不變；
2、水的化學組成（如氯含量）和溫度變化一般不會影響消毒效果；
3、不另增加水中的嗅、味，不產生諸如三鹵甲烷等類的消毒副產物。
缺點：
1、孢子、孢囊和病毒比自養型細菌耐受性高；
2、水必須進行前處理，因為紫外線會被水中的許多物質吸收，如酚類、芳香化合物等有機物、某些生物、無機物和濁度；
3、沒有持續消毒能力，并且可能存在微生物的光復活問題，最好用在處理水能立即使用的場合、管路沒有二次污染和原水生物穩定性較好的情況（要求有機物含量低于10μg/L）。