紅外光顯微鏡在生物學中的應用范圍是有限的。當用可見光觀察不透明的某些物體時，在較溉的紅外光區域就會變得透明，這種效應已經被用于研究在某些昆蟲中發現的滲入黑色素的甲殼質層。但是，某些有機物質在2-30微米波長范圍內的吸收特性實際上并沒有應用到生物學物質的定性和定量的顯微研究中，除了儀器和像的記錄問題而外，也由于在這種波長范圍內分辨力的損失已經變得十分引人注目。一個數值孔徑為0.6物鏡的最小分辨距離大約與所使用的光線的波長是相等的，這就意味著使用一個這樣孔徑的反射物鏡，以波長為10μm的紅外光觀察一個直徑為10μm左右的細胞幾乎是不可能的。