慢性呼衰病人呼吸道、肺部感染未控制者，由于多量分泌物阻塞氣道使病情加重，加上病人咳嗽無力，從鼻或口腔吸痰不能達到徹底清除分泌物目的，這時要使用纖支鏡直視下把氣道分泌物抽吸干凈。
各種原因引起呼吸衰竭的病人，氣管插管人工通氣后，由于濕化不夠，氣道干燥，氣道分泌物粘稠，引流不暢阻塞氣道，使氣道阻力加大，人工通氣效果不好，這時要定期用纖支鏡吸痰，加強氣道濕化管理等。
肺部手術后病人由于滲血、出血與氣道內分泌物集聚阻塞患側或健側氣道，可造成肺不張，如不及時清除氣道分泌物，可使病情加重，直接威脅病者生命，這時要立即用纖支鏡清除氣道分泌物，進行抗感染治療并加強氣道管理。