BAL治療呼吸衰竭
在國內已有多家醫院用BAL對呼吸衰竭進行治療，在常規方法治療不能奏效時采用此法治療，病情可得到改善。灌洗用的液體通常用滅菌消毒的生理鹽水加入對氣道無刺激的抗生素或皮質激素，每次30～50ml，注入后再以13．3～26．6kPa壓力抽吸，重復數次，左右側交替灌洗、抽吸，然后注入抗生素。多數醫院通過此BAL治療后患者PaCO2下降，神志清醒。
BAL治療肺部感染性疾患
嚴重肺部感染如支氣管擴張癥、肺化膿癥、肺炎等由于支氣管粘膜充血、腫脹及膿性分泌物增加，引流支氣管被阻塞，全身用藥局部難以達到有效藥物濃度，感染往往難以控制，用BAL治療使傳統方法難以治療的患者經治療后大多數病例獲得滿意效果，嚴重感染者慎用。在抗生素方面，根據細菌培養的藥敏檢查報告，選用青霉素、先鋒V、西力欣、復達欣及妥布霉素等，此外加入適量地塞米松。BAL治療頻度，每周予以2～3次為宜。
BAL治療肺結核
國內有學者對痰中找到結核菌確診的各型活動肺結核，對其中初治病例和復治病例進行全身抗癆治療局部BAL治療（每周1次，共4次），1個月后，X線顯著吸收為60%以上，比口服化療藥治療3個月、6個月的療效要好，而痰菌陰轉率達到了口服化療藥治療的效果，其中復治病例的病灶吸收顯效率明顯高于文獻中口服半年化療藥物的復治病例組。
BAL治療支氣管哮喘
有人對哮喘持續狀態1個月以上者，以大量肝素行BAL治療，有效率達90%以上，有人用生理鹽水進行BAL治療，取得一定效果。但不少學者認為哮喘持續狀態患者由于粘液栓和大范圍通氣不足易引起嚴重的低氧血癥，此種粘液栓可通過鹽水經支氣管吸出。有人認為此法有一定危險性，對治療的病人要有條件地進行選擇，通常在監護病房內，由訓練有素的醫生進行操作。
BAL治療肺不張
肺不張多發生在右中葉及左舌葉，也有發生在其它肺葉。對于右中葉炎性引起肺不張，時間在2個月以內者用BAL方法治療多可奏效（包括兒童）。時間超過2個月以上者僅部分有效。抽吸之后向局部注入抗生素（如丁胺卡那霉素0.2g或西力欣0．75g。右中葉因炎性肺不張者，時間在2個月之內者，每周進行BAL治療2～3次，6～8次多可治愈。
BAL治療塵肺
通過BAL中的全肺灌洗（WLL）來對塵肺急性期進行治療，國內已有數家醫院在進行此項治療研究，有很好的成功經驗。
BAL治療肺泡蛋白沉著癥早在1963年Ramirez首次給肺泡蛋白沉著癥患者用大量液體進行WLL，這是在全麻下進行，灌入液體量大，至今為止尚未制定出統一標準。經WLL治療后能改善患者癥狀。
BAL治療吸入放射性微粒及其它疾病
應用BAL中的WLL進行清除肺內放射性物質，在進行狗和狒的研究中，確定了WLL的清除效果。