2010版《中國藥典》對純化水微生物的要求是＜100個/1ml。以下是檢測方法：
薄膜過濾法,計數,每1ml純化水不得過100個,具體方法：
1、大腸菌群的檢查：取含培養基10
ml的乳糖膽鹽發酵管若干支,分別加入供試水樣1 ml.另取乳糖膽鹽發酵培養基管1支加1ml洗液為陰性對照組,于36±1℃培養18～24
h.陰性對照應無菌生長.供試品乳糖膽鹽發酵管若無菌生長,或有菌生長但不產酸產氣或產酸不產氣,判該管未檢出大腸菌群.
2、霉菌及酵母菌計數：純化水取水樣1ml,均做平行,并做陰性對照,經直徑為50 mm、孔徑0.45μm 的薄膜過濾器過濾,小心取出濾膜,菌面向上貼于玫瑰紅鈉培養基平板上,將培養皿倒置于培養箱中,于23～28℃培養5天（可延長到7天）,菌落計數；
細菌計數：純化水取水樣1 ml,并做陰性對照,經直徑為50 mm、孔徑0.45μm 的薄膜過濾器過濾,小心取出濾膜,菌面向上貼于營養瓊脂培養基平板上,將培養皿倒置于培養箱中,于30～35℃培養72 h,菌落計數
3、判定標準：純化水每片濾膜上微生物菌落總數不超過100 cfu,不得檢出大腸菌群