純化DNA的常用方法是用酚抽提-乙醇沉淀法，適用于普通實驗室操作。它通過交替使用苯酚、氯仿兩種不同的蛋白質變性劑，可以增加去除蛋白質雜質的效果；氯仿可以去除核酸溶液中的微量酚，還可以加快有機相與液相混合，去除色素和蔗糖；在氯仿中加入少量的異戊醇可以減少蛋白質變性操作過程中產生的氣泡。
【實驗材料】
待純化的DNA溶液。
【實驗儀器】
高壓滅菌鍋，渦旋混勻器，臺式高速冷凍離心機
【試劑配制】
1、Tris飽和酚（pH8.0）：氯仿：異戊醇混合液
酚：氯仿：異戊醇按體積比25：24：1配制，現配現用。
2、氯仿：異戊醇混合液
氯仿：異戊醇按體積比24：1配制，現配現用。
3、醋酸鈉溶液
配制3 mol／L的醋酸鈉溶液，調節pH值至5.2。
4、TE緩沖液
10 mmol／L Tris·HCl（pH 8.0），1 mmol／LEDTA（pH 8.0），配制完成后高壓滅菌，4 ℃保存。
【實驗步驟】
1、在待純化的DNA溶液中加等體積的酚：氯仿：異戊醇混合液，然后在渦旋混勻器上充分混勻。
2、將混合物12000 r／min離心10 min后，移取上層含DNA的水相到另一離心管中。如果在水相和有機相交界處有白色沉淀物，則需要重新抽提水相，直到兩相交界處無明顯沉淀物。
3、向上層水相中加入等體積的氯仿：異戊醇（24：1）混合液，在渦旋混勻器上充分混勻后12000 r／min離心10 min。
4、移取上層含DNA的水相到另一離心管中，加1／10體積的醋酸鈉溶液，充分混勻，再向管中加入2.5倍體積的預冷無水乙醇，上下倒置混勻，于-20 ℃保存30 min。
5、12000 r/min離心5 min，棄上清液；75%的乙醇12000 r/min離心洗滌5 min，棄上清液；用吸頭將管壁殘留的乙醇去除，室溫干燥10-15 min（不要等DNA沉淀完全干燥，否則DNA不易溶解）。
~ 1 / 2 ~
6、在盛有干燥DNA的離心管中加入適量TE緩沖液，溶解后在-20 ℃以下長期保存。