紙電泳的設備簡單，應用廣泛，是最早使用的一種電泳技術。
最初用于蛋白質，后來也用于氨基酸、核苷酸一些低分子物質，其優點在于或采用濾紙與色素結合的直接電泳圖，或剪下濾紙的任何部分來抽提其中的物質。在早期的生物化學研究中，曾發揮重要作用。
由于紙電泳時間長，分辨率較差，近年來逐漸為其他快速、簡便、分辨率高的電泳技術所代替。
