組織芯片技術是以形態學為基礎的分子生物學新技術，應用范圍涵蓋了整個生命科學中各個基礎研究、臨床研究、應用研究以及藥物開發的相關領域。憑借其省時、高效、誤差小等優點，自誕生以來就獲得了生命科學從業人員的熱切關注。
那么組織芯片到底是如何制備出來的呢？
簡短截說，組織芯片制備就是通過組織芯片陣列儀細針打孔的方法，從眾多的組織蠟塊（稱為供體蠟塊，donor）中采集到數十至上百的圓柱形小組織（組織芯，tissue core），并將其整齊排列另一空白蠟塊（稱為受體蠟塊，recipient）中，而制成組織陣列塊。然后對組織組織陣列塊進行切片，再將切片撈片到載玻片上制成組織芯片。詳細制備步驟如下：
芯片微陣列設計
在構建組織芯片之前，應該預先計劃檢測多少樣本，然后相應地進行設計。對大多數研究來說，在一個常規的載玻片上放置60~100個樣本已經足夠了。當樣本超過100例時，上樣、切片、染色及研究各個步驟都要求相當熟練，并且由于樣本排列過于緊密，有可能導致芯片制作和研究失敗。因此在計劃檢測數百個到上千標本時可考慮多做幾個組織芯片。
收集病理及相關蠟塊
挑選出具有隨訪資料的不同發展階段的腫瘤組織蠟塊，根據HE切片對石蠟標本中有代表性的點進行標記，包括典型的腫瘤和相應的正常組織，以構建腫瘤組織芯片。
TMA受體蠟塊制備
取蠟塊制成長36mm*寬26mm*高17mm的空白蠟塊，在該蠟塊20mm×16mm范圍內設計10×8點組織陳列。組織四周預留0.5cm-0.7cm空間，用組織儀打孔制成TMA蠟塊。
受體蠟塊打孔
在組織芯片制作機上用細針對受體蠟塊打孔，孔徑以1~2mm比較適宜。同樣在供體蠟塊上標記的相應部位打孔采集組織芯，孔徑同樣為1~2mm。將組織芯轉移到受體模塊的孔中，每個組織芯之間的間距以0.2mm為佳。
為了防止在打點、切片、染色或免疫組化過程中出現漏點、滑片及掉片現象，每個樣本可以上樣1-2個點。
TMA芯片蠟塊融合
將構建好的TMA芯片蠟塊放在相宜的塑料盒子內，并嚴密固定防止移位。放入50℃溫箱中約10分鐘，在蠟將要完全溶解前，取出于室溫下冷卻，使受體模塊的蠟與新插入的小圓柱狀組織溶為一體，取下蠟塊，于4℃冰箱中保存備用。
切片
切片前，蠟塊需在4℃中預冷4h左右，然后夾在切片機上進行修正，等修到全部組織完整為止。
用-20℃預冷冰袋貼在蠟塊上5-10min左右，快速連續切片30-50張左右，再用冰袋冷凍組織塊，或直接在冰凍切片機內進行，直至將組織切完為止。
將3 μm連續切片分別漂在涼水中，讓其自然展開，按順序將切片轉移至45℃的溫水中展片2min左右，將其貼在防脫載玻片上晾干，60℃中烤片2h左右， -20℃保存備用。