蛋白酶是人體內蛋白水解的主要參與者，根據其底物特異性可將其分為肽鏈內切酶、肽鏈端解酶、氨基肽酶和羧肽酶等；根據其蛋白水解機制分類為絲氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、蘇氨酸蛋白酶和金屬蛋白酶。其中半胱氨酸蛋白酶研究較多。它廣泛存在于病毒、細菌、真菌、原生動物及原蟲、植物、哺乳動物和人當中，其最大的亞族是木瓜蛋白酶類半胱氨酸蛋白酶。哺乳動物中的木瓜蛋白酶類半胱氨酸蛋白酶即屬于組織蛋白酶(Cathepsin)，它是一類主要存在于溶酶體中的胞內蛋白酶，弱酸性環境中易被活化，是一類在堿性和中性溶液中不穩定的糖蛋白(除組織蛋白酶D 、E 、S 外) 。