組蛋白乙酰轉移酶根據底物性質的不同可以分為兩個家族, GNAT 家族(GCN5-related nacetyltrans-ferases family) 和 MYST(MOZ、Ybf2/Sas3、Sas2 和Tip60)家族 。
雖然二者都含有乙酰輔酶 A 同源序列, 但是其核心區域存在差異。在功能上,GNAT家族主要負責組蛋白H3上的賴氨酸位點乙酰化, MYST 家族則與組蛋白 H4 上賴氨酸位點(如H4K16)乙酰化有關。根據含有的結構域不同, MYST家族又可分為以下 3 種：含有植物同源結構域的亞群(包括MOZ和MORF), 含有染色質域的亞群(包括Esa1、dMOF 和 Tip60) [14,15] 以及含有鋅指結構的亞群(HBO1)。