最常用的抽提細胞內共價閉合環狀DNA（cccDNA）的方法是蛋白質－去污劑沉淀法，其原理是基于rcDNA和共價閉合環狀DNA（cccDNA）與蛋白質結合能力的差異。rcDNA能與蛋白質共價結合，與絕大多數細胞染色體DNA一起形成沉淀，而共價閉合環狀DNA（cccDNA）不能與蛋白質結合故游離于上清中，用酚氯仿抽提上清即可得到cccDNA。根據筆者的經驗，該方法的主要缺點是：抽提較為費時，一般需要4～5小時；酚氯仿抽提環節多、得率不高；對于凍存的富集細胞（pellet）難以充分裂解，單裂解這一步可能需要3～4小時甚至更長時間。此外，在上清中實際仍然含有少量的rcDNA，而在沉淀中實際上也存在著一部分cccDNA。
為進一步分離cccDNA、rcDNA和單鏈DNA，可以對抽提產物進行純化。以酶切法最為常用。外切核酸酶Ⅲ是一種3’→5’外切酶，對帶有鈍端、5’突出端或有缺口的雙鏈具有特異性，而不能降解帶有3’突出端（至少4個堿基）的雙鏈DNA。綠豆核酸酶則以內切方式降解單鏈DNA或RNA，而保持雙鏈DNA的完整性（二者的比活性＞1000），可用于選擇性切除雙鏈DNA的突出單鏈末端，以及切除單鏈DNA或RNA。也可單用綠豆核酸酶酶切rcDNA，或先用外切核酸酶Ⅲ將rcDNA降解成單鏈，然后再用綠豆核酸酶酶切。該方法也有其缺點：如抽提產物被稀釋，降低了檢測敏感度；綠豆核酸酶的反應緩沖液對PCR反應有抑制作用等。
我們嘗試用小量質粒抽提試劑盒抽提去抽提HepG2.2.15細胞內的cccDNA，結果發現得率比上述所用方法均要高，操作也簡便，所有操作在30分鐘內就可完成。