反密碼子是在tRNA的三葉草形二級結構反密碼臂的中部，可與mRNA中的三聯體密碼子形成堿基配對的三個相鄰堿基。在蛋白質的合成中，起解讀密碼、將相應的氨基酸引入核糖體A和P位點的作用。
反密碼子（anticodon）：RNA鏈經過折疊，看上去像三葉草的葉形，其一端是攜帶氨基酸的部位，另一端有3個堿基。每個tRNA(transfer RNA）的這3個堿基可以與mRNA上的密碼子互補配對，因而叫反密碼子。 tRNA分子二級結構的反密碼環中部的三個相鄰核苷酸組成反密碼子。它們與結合在核糖體上的mRNA中的核苷酸（密碼子）根據堿基配對原則互補成對，因此在蛋白質合成過程中，攜帶特定氨基酸的tRNA憑借自身的反密碼子識別mRNA上的密碼子，把所攜帶的氨基酸摻入到多肽鏈的一定位置上。