證明在結構生物學以外的臨床和實驗實踐中更有用的分類將免疫細胞因子分為增強細胞免疫反應的細胞因子1型（TNFα、IFN-γ等）和增強抗體反應的細胞因子2型（TGF-β、IL-4、IL-10、IL-13等）。關注的一個關鍵焦點是，這兩個亞組之一中的細胞因子傾向于抑制另一個亞組中的細胞因子的影響。這種趨勢的失調正在深入研究，因為它可能在自身免疫性疾病的發病機制中發揮作用。幾種炎癥細胞因子是由氧化應激誘導的.細胞因子本身會觸發其他細胞因子的釋放并導致氧化應激增加，這使得它們在慢性炎癥以及其他免疫反應中很重要，例如發燒和肝臟的急性期蛋白（IL-1、6、12、IFN-a）。細胞因子也在抗炎途徑中發揮作用，并且是炎癥或周圍神經損傷引起的病理性疼痛的一種可能的治療方法。有調節這一途徑的促炎和抗炎細胞因子。