霉菌污染后多數在培養液中形成白色或淺黃色漂浮物。
一般肉眼可見，較易被發現，短期內培養液多不混濁，倒置顯微鏡下可見于細胞之間縱橫交錯穿行的絲狀、管狀、及樹枝狀菌絲，并懸浮飄蕩在培養液中。
很多菌絲在高倍鏡可見到有鏈狀排列的菌珠；
念珠菌或酵母菌形態呈卵形，散在細胞周邊和細胞之間生長。
鏡下看時，要將培養瓶用酒精棉球擦干凈，以防止與瓶外尤其瓶底外面生長的菌絲相混淆。
真菌污染后，細胞生長變慢，但最后由于營養耗盡及毒性作用而使細胞脫落死亡。
