無氧呼吸即糖酵解，產物為丙酮酸和NADH、ATP，丙酮酸可以轉化為乳酸或者乙醇等，有氧呼吸即丙酮酸進一步分解，產物為二氧化碳、水、ATP等。
有氧呼吸第一階段：1個分子的葡萄糖分解成2分子的丙酮酸，產生少量[H]，并且釋放放出少量的能量，其余以熱能散失。這一階段不需要氧的參與，是在細胞質基質中進行的。
有氧呼吸第二階段：丙酮酸和水徹底分解成二氧化碳和[H]，并釋放出少量的能量。這一階段不需要氧的參與，是在線粒體基質中和線粒體嵴上進行的。
有氧呼吸第三階段：上述兩個階段產生的[H]，經過一系列的化學反應，與氧結合形成水，同時釋放出大量的能量。這一階段需要氧的參與，是在線粒體內膜上進行的。