細胞污染分幾種情況，處理方法不同。
細菌污染處理方法：
在培養基中加入抗生素處理，可以用四環素，慶大霉素，或者鏈霉素，前兩者的工作濃度是50 μg/mL;鏈霉素的工作濃度是100 μg/mL。但是，細胞本身也有影響，狀態大不如從前，所以，防范于未然，正確操作、嚴格執行無菌操作規范，定期清理消毒培養設施才是關鍵!
二、真菌污染
：真菌污染培養液清亮透明。
處理方法：趕緊扔掉，不要再想挽救，即使再珍貴。然后徹底消毒滅菌培養間，CO2孵箱，器皿和培養液。
三、霉菌污染
同真菌感染一致，因為培養液是清亮的，所以霉菌污染早期難以發現，等發現時往往已經為時過晚了。培養液中慢慢地出現絮狀雜質，鏡下可見呈細絲狀的團狀漂浮物。
處理方法：建議果斷舍棄該污染細胞，將環境徹底消毒，因為霉菌的頑固可能會導致下幾批細胞都會污染，所以，采用酒精徹底底地擦洗一遍CO2孵箱。然后再用新潔爾滅擦洗一遍，把水盤里加上飽和量的硫酸銅。千萬不可大意!
四、支原體感染
：培養液變渾濁，支原體感染細胞以后，細胞病變不很明顯，只是細胞狀態變差、生長變慢，在顯微鏡下觀察可能會有小黑點。
處理方法：
如果不是很珍貴的細胞的話，建議直接扔了吧。還是那句話，預防為主。