已斷定有兩種組分,即a及a3,但不能將兩者分開。實際上a和a3結合成一個大分子的寡聚體,但亞基的數量及結構還不清楚,通常稱為細胞色素aa3或稱細胞色素氧化酶,分子量約為200 000,含有二分子血紅素A及二個銅原子。二個血紅素A與一些配基的反應性有所差別,氧化型a3的血紅素A極易與CN-結合,并且不能再被還原。還原型a3的血紅素A極易與CO生成穩定的復合物,從而中斷呼吸鏈的電子傳遞,而細胞色素a的血紅素A則不能與CO和CN-結合,也不能與O2結合。