1、細胞質對基因載體—染色體的調節
植物雄性不育的遺傳
受精的細胞質中的內含物的分布（色素、卵黃粒、線粒體等）是不均勻的，對染色體的影響也不一樣。如小麥癭蚊的個體發育中，癭蚊卵跟果蠅相似，其卵的后端含有一種特殊的細胞質—極細胞質，在極細胞質區域的核內，保持了全部40條染色體，以后分化為生殖細胞。但位于其他細胞質區域的核丟失了32條染色體，只保留了8條，將來成為體細胞。如果用線把卵結扎，使核不向細胞質移動，那么所有的核都把32條染色體放棄到核外，最后發育成不育的癭蚊。可見極細胞質可阻止染色體的消減，使生殖細胞的分化成為可能。
2、細胞質對X染色體上基因的調節作用
哺乳動物性染色體♀XX，♂XY。X染色體上含有很多與性別無關的伴性基因。按理說，這樣的基因♀性有兩套，♂性只有1套，♀性基因產物也應是♂性基因產物地倍，可事實上并不是這樣，二者產物基本相等。
因為♀性的兩個X染色體，在間期核中表現“異固縮現象”，即屬于異染色質，染色深，處于失活狀態。至于哪個細胞中哪條染色體失活是隨機的。
婦產科可以根據胎兒羊水中的胎兒脫落細胞染色，判斷是男孩還是女孩。
（三）個體發育中質基因與核基因的關系
1、細胞質基因在個體發育中的作用是必須的，不可缺少的。
2、細胞核基因在個體發育中的起主導作用。
3、核質互作辨證統一的關系
生物遺傳性狀中，有兩個主要的遺傳系統—核遺傳和質遺傳，它們除了有相對的獨立性，核基因起主導作用外，但又密切的聯系，互相協調，在遺傳上綜合地發揮作用。
四、持續飾變
環境引起的表現型改變通過母親細胞質而連續傳遞幾代，變異性逐漸減少，最終消失的遺傳現象。
介于母性影響和細胞質遺傳之間。不能隔代遺傳，無論在后代中怎樣選擇，最終性狀消失。
例如，用水化氯醛處理四季豆，葉子產生畸形。F1代73%，F2代67%，F3代47%，F4代52%，F5代8%，F6代4%，F7代0%。