食品和環境中存在許多致病菌，研究表明噬菌體能夠檢測和控制食品和環境中致病菌及腐敗菌的生長。Bmvko LYu等討論了噬菌體檢測致病菌的優缺點，指出利用噬菌體檢測食品安全及加工制造過程等方面存在的致病菌具有極大的應用前景。姜琴等指出利用噬菌體可以實時、快速而準確地檢測食品中的沙門氏菌，在公共和食品衛生、畜牧獸醫和121岸檢疫中具有重要的意義。劉心妍認為噬菌體不僅可用于檢測食源性致病菌，還可以應用在原料采集環節殺滅病原菌、生產或加工環節對設備等進行消毒、延長食品儲藏期、消毒新鮮水果蔬菜等方面。
