1.血常規
急性菌痢患者白細胞總數和中性粒細胞比例呈輕至中度升高。慢性患者可有血紅蛋白低等貧血的表現。
2.大便常規
典型者外觀為鮮紅黏凍狀的稀便。鏡檢可見大量膿細胞（每高倍鏡視野白細胞或膿細胞≥15個）和紅細胞，并有巨噬細胞。
3.細菌培養
糞便培養志賀菌陽性可確診。
4.特異性核酸檢測
應用聚合酶鏈反應（PCR）和DNA探針雜交法可直接檢查病原菌的特異性基因片段，靈敏度高，特異性強，有助于早期診斷。
5.免疫學檢查
用免疫學方法檢測細菌或抗原有助于菌痢的早期診斷，但易出現假陽性。
6.腸鏡檢查
急性菌痢患者腸鏡檢查可見腸黏膜彌漫性充血、水腫、大量滲出液，有淺表潰瘍。慢性患者腸黏膜呈顆粒狀，可見潰瘍或息肉，并可取病變部位分泌物作細菌培養。
7.X線鋇餐檢查
適用于慢性菌痢患者，可見腸道痙攣、動力改變、袋形消失、腸道狹窄、黏膜增厚或呈階段狀。