本病一般起病較急，由于肝臟血運豐富，一旦發生化膿性感染后，大量毒素進入血液循環，可引起全身膿毒性反應。臨床上常繼發某種前驅性疾病（如膽道蛔蟲病）之后突發寒戰、高熱和肝區疼痛等。主要臨床表現如下：
1.寒戰和高熱
病人在發病初期驟感寒戰，繼而高熱，發熱多呈弛張型，體溫在38℃～40℃，最高可達41℃，寒熱交替，伴大量出汗，脈率增快，一天數次，可反復發作。
2.肝區疼痛
炎癥引起肝臟腫大，導致肝被膜急性膨脹，肝區出現持續性鈍痛；疼痛劇烈者常提示單發性膿腫；膿腫早期為持續性鈍痛，后期常為銳性劇痛，隨呼吸加重者常提示肝膈頂部膿腫；有時疼痛可向右肩放射，左肝膿腫也可向左肩放射。
3.消化道癥狀
由于伴有全身性毒性反應及持續消耗，乏力、食欲減退、惡心和嘔吐等消化道癥狀較為常見。少數病人在短期內可表現為精神萎靡等較嚴重病態，也有少數病人出現腹瀉、腹脹或較頑固性的呃逆等癥狀。
4.體征
肝區壓痛和肝大最為常見；右下胸部和肝區有叩擊痛；有時出現右側反應性胸膜炎或胸腔積液；如膿腫位于肝表面，其相應部位的肋間皮膚表現為紅腫、飽滿、觸痛及可凹性水腫；如膿腫位于右下部，常見有右季肋部或右上腹部飽滿，甚至可見局限性隆起，常能觸及腫大的肝臟或波動性腫塊，并有明顯的觸痛和腹肌緊張等；左肝膿腫時，上述體征則局限在劍突下。晚期病人可出現腹腔積液。繼發于膽道梗阻的病人，可伴有黃疸。