1.外周血常規檢查
一般白細胞總數升高或正常，中性粒細胞增多或伴核左移。
2.糞便常規
肉眼觀察糞便的外形、量、稠度及有無食物殘渣、黏液、膿血等。不同細菌感染后糞便可呈稀水樣便、洗肉水樣便、膿血便、血便、黏液便等性狀。如懷疑霍亂弧菌、彎曲菌感染，應用糞便懸滴檢查，霍亂弧菌可見特征性魚群樣運動，彎曲菌則可見突進性運動的螺旋形細菌。
3.糞便培養
確診依據，一般培養陽性率低，提高陽性率的方法包括：①應用抗生素之前取材；②取新鮮糞便的黏液膿血部分；③標本保溫及時送檢；④連續多次培養；⑤結腸鏡檢時取材；⑥除采用雙硫與血液瓊脂培養基外，應根據可疑致病菌選用相應的培養基與培養條件。
4.免疫學檢查
常用方法有乳膠凝集試驗、酶聯免疫吸附試驗（ELISA）、被動血凝集試驗（PHA）、免疫熒光法（IFA）、免疫磁球法、酶免疫熒光法等，用于糞便中細菌及毒素、血清中特異性抗原抗體的檢測。
5.核酸檢測
基因探針技術和聚合酶鏈反應技術，檢測病原菌特異性基因片段，該法簡便、迅速、靈敏。DNA指紋圖譜、脈沖凝膠電泳等可追蹤醫院內感染的播散，有利于流行病學調查。