古菌鞭毛（archaellum）
古菌鞭毛，表面看起來類似細菌（或 Eubacterial）鞭毛。
1990年代曾發現了許多古菌和細菌鞭毛詳細的分歧，其中包括：
細菌鞭毛是由一個流動的 H + 離子，古鞭毛幾乎肯定由腺苷三磷酸[ATP]。
細菌細胞中往往有許多鞭毛的細絲，古鞭毛由許多長絲組成一捆。
細菌鞭毛
不同種類的細菌有不同的數目的鞭毛。Monotrichous細菌有一個單一的鞭毛（如霍亂弧菌 ）。 Lophotrichous細菌有多種鞭毛設在細菌同樣的表面上，而協調一致地行動，將細菌進往單一的方向前進。
一些細菌，如selenomonas ，鞭毛是有組織外胞體。
真核生物鞭毛（ cilia）
真核鞭毛是完全不同于其它從原核生物鞭毛在結構和進化起源。
鞭毛可分為端生和周生