1.術前應充分了解病情，包括詳細的病史、體格檢查、生化檢查和鋇劑灌腸等其他影像學資料，了解有無凝血障礙及是否應用抗凝藥物，了解有無藥物過敏及急慢性傳染病等，如懷疑此類疾病則需先進行相關實驗室檢查以判斷有無結腸鏡檢查的適應證和禁忌證。如果懷疑有結腸畸形、狹窄等，通常先做鋇劑灌腸檢查，以了解腸腔形狀。
2.知情同意。由于結腸鏡檢查和治療存在一系列并發癥，因此向患者說明檢查目的和可能出現的問題，征詢其同意并簽署知情同意書，交代注意事項及配合檢查時的體位。向患者做好解釋工作，解除其思想顧慮和緊張情緒，以便取得其配合，保證檢查成功。
3.檢查前1～2小時進低脂、細軟、少渣的半流質飲食，嚴重便秘的患者應在檢查前3小時給予緩瀉劑或促動力藥以排出結腸內潴留的大便。檢查當日禁食早餐，糖尿病患者、老年人或不耐饑餓者可適當飲用含糖水及飲料。
4.腸道準備。清潔腸道是檢查成功的先決條件，結腸鏡檢查的成敗，腸道的清潔程度是關鍵之一。如結腸積有糞便，影響進鏡與觀察病變。目前清潔腸道的方法眾多，各有其特點，常用的方法有聚乙二醇（PEG）法：PEG具有很高的分子質量，在腸道內既不被水解也不被吸收，因而在腸液內產生高滲透壓，形成滲透性腹瀉。將PEG20-30g溶入2000～3000ml水中，于術前4小時口服，直至排出液清亮為止。也可將PEG加入電解質液中以提高滲透壓，如復方聚乙二醇電解質散由PEG和電解質組成，PEG每次2～3袋溶于電解質溶液中，可減少飲水量至2000ml，患者易于接受。該法清潔腸道需時短，飲水量少，對腸道刺激少，一般不引起水、電解質失衡。但是腸道內殘留黃色液體較多，部分形成黃色泡沫，影響視覺效果。
5.術前用藥。腸鏡檢查的術前用藥對保障順利插鏡。仔細觀察及尋找病變、準確活檢和精細的內鏡下治療均十分重要。對一些精神緊張的患者術前用藥還有助于減少痛苦，更好的配合檢查。
（1）解痙藥可抑制腸蠕動，解除痙攣，有利于插鏡及尋找病變、活檢及內鏡下治療。于檢查前10～15分鐘肌注山莨菪堿20mg或丁溴東莨菪堿10mg，作用時間20～30分鐘。如果術中需要穩定腸管可隨時肌注或靜注。對青光眼、前列腺肥大或近期發生尿潴留者忌用，可改用維生素K38～16mg肌注或硝苯地平10mg舌下含服代替。
（2）鎮靜、鎮痛藥隨著插鏡技術的提高，插鏡痛苦已明顯減少，國內已很少應用鎮痛藥。僅對少數精神緊張、耐受性差或病情需要者，術前肌肉注射地西泮10mg或靜脈推注5～10mg。個別患者可酌情肌肉注射地西泮5～10mg加哌替啶25～50mg。用鎮痛藥時術者應時刻警惕因疼痛閾升高，患者對穿孔前的劇痛感覺遲鈍，術者如繼續進鏡，就有導致穿孔或漿膜撕裂的危險，尤其是有腸管粘連或有潰瘍的病例。因此，對有乙狀結腸、橫結腸粘連或該腸段有較深潰瘍的病
（3）麻醉藥近年來國內外一些醫院提倡無痛檢查法，即在全身麻醉狀態下進行結腸鏡檢查。通過靜脈注射有鎮靜作用或麻醉作用的藥物，使患者舒適、安靜，呈淺麻醉狀態，對鏡檢過程遺忘，達到無痛苦檢查的目的；這種方法增加了患者的依從性，并方便檢查醫生的操作和診斷，提高了檢查成功率。一般常用藥物為異丙酚加芬太尼。但全麻下的結腸鏡檢查是在毫無反應狀態下插鏡，以至在腸管過度伸展狀態下扔強行插入極易發生穿孔、漿膜撕裂及大出血，因此應嚴格掌握適應證，插鏡動作要輕柔。