維生素B6的三種形式均為白色晶體，易溶于水和乙醇，微溶于有機溶劑，無臭。
維生素B6在食品加工中可發生熱降解和光化學降解，也可能與蛋白質發生不可逆結合，從而降低其生物活性。維生素B6的三種形式都具有熱穩定性，其熱降解與pH值有關，在酸性溶液中所有維生素B6都是穩定的，在堿性溶液中容易發生分解，其中吡哆胺損失最大。
維生素B6對光敏感，尤其是紫外線，光降解的最終產物是無生物活性的4-吡哆酸。維生素B6可與蛋白質中的含硫氨基酸(如半胱氨酸)發生加成反應生成無生物活性的含硫衍生物，或與其他氨基酸作用生成Schiff堿，在酸性條件下這些Schiff堿會進一步解離或是發生重排生成環狀化合物。此外，維生素B6也可與自由基反應而生成無活性產物，如維生素C降解產生的羥自由基可以直接進攻吡啶環的C6位，生成無生物活性的6-羥基衍生物。