維生素D具有免疫調節作用，是一種良好的選擇性免疫調節劑。當機體免疫功能處于抑制狀態時，1，25-二羥維生素D3主要是增強單核細胞，巨噬細胞的功能，從而增強免疫功能，當機體免疫功能異常增加時，它抑制激活的T和B淋巴細胞增殖，從而維持免疫平衡。1，25-二羥維生素D3對免疫功能調節的機制主要有：
①通過1，25-二羥維生素D3受體介導；
②通過抑制原單核細胞增殖而間接刺激單核細胞增殖，促進單核細胞向有吞噬作用的巨噬細胞轉化。在防治自身免疫性腦機髓炎、類風濕性關節炎、多發性硬化癥、Ⅰ型糖尿病和炎性腸病等有一定療效。