羊膜帶綜合征的病因尚未完全清楚關于病因假說有如下3種：
1.外因論 妊娠早期不明原因的羊膜破裂而絨毛膜完整，胎兒通過羊膜破裂處到達絨毛膜腔中由于絨毛膜滲透性較好，羊水外滲一過性羊水過少胎兒與絨毛膜貼近。絨毛膜組織具有增生和浸潤能力，與胎兒的各種組織接觸后對所接觸的組織進行破壞繼而出現相應部位的畸形。
外因論中要非常強調羊膜腔破裂發生于妊娠早期，妊娠中期晚期特別是妊娠晚期的胎膜破裂，通常不會引起羊膜帶綜合征。妊娠晚期行羊膜腔穿刺，穿刺后羊膜上因穿刺而留有破孔，但已經證實此時的羊膜腔穿刺術不會導致羊膜帶綜合征。
近年胎兒醫學特別是胎兒手術學的進展，已經成功對羊膜帶綜合征施行宮內羊膜帶松解治療術后受累肢體得以擺脫羊膜帶的束縛，恢復正常發育。
2.內因論 雖然羊膜帶綜合征與羊膜帶有關但目前尚未發現羊膜帶造成截肢或畸形的直接證據，所以有學者認為羊膜帶綜合征的根本原因是遺傳物質的異常，即遺傳物質缺乏論。
3.血管論 羊膜帶綜合征往往合并復雜的內臟畸形，多種復雜的內臟畸形難以用羊膜破裂的理論來解釋在沒有羊膜破裂的大白鼠體內通過應用血管活性物質可以建立羊膜帶綜合征動物模型。[1]