本病應與盆底肌痙攣綜合征相鑒別，后者是以盆底肌群痙攣性收縮為主的一種功能性疾病。
正常人在靜息時，恥骨直腸肌呈收縮狀態，而在排便時該肌松弛，以利糞便排出。若摒便時，恥骨直腸肌不松弛反而收縮加強，將影響排便。此時在排便動態造影中可見肛管直腸角在摒便時不增大，仍然保持原來的90deg；左右或更小。Kujipers認為，摒便期間這種持續的收縮代表盆底肌的肌肉功能障礙，而不是排便動態造影期間出現的一種隨意收縮，他把這種持續性收縮取名為盆底肌痙攣綜合征。這種功能性障礙的原因尚不清楚，與其他功能紊亂的原因相似，心理因素可能也起作用。該綜合征也常與會陰下降、直腸的套疊、直腸前突合并存在。治療以恢復正常肌肉的功能為主。與恥骨直腸肌綜合征的鑒別是，前者表現為盆底痙攣而無肌纖維肥大，肛直角雖小，但排便動態造影時各狀態X線片上有變化，且無擱架征。后者多可見擱架征，肛管較長，肛直角小，在整個排便動態造影過程中鋇劑常不排出或少量排出。診斷有困難時，直腸指診可協助鑒別。也有人認為，這兩者可能是一種疾病不同階段的表現。
1.直腸指診：肛管張力增高，肛管明顯延長，恥骨直腸肌明顯肥大、觸痛，有時有銳利邊緣。
2.肛管壓力測定：縮窄壓均增高，提示有異常排糞反射曲線，括約肌功能長度顯著增加，可達5.0～6.Ocm。
3.氣囊逼出試驗：50ml或100ml氣囊均不能自直腸排出，正常時5min內排出。
4.盆底肌電圖：恥骨直腸肌有顯著反常肌電活動。
5.結腸傳輸功能檢查：有直腸內潴留。
6.排糞造影：各測量數據尚正常，但排糞時肛管不開，在靜止及用力排糞時均有閣樓征。