著名自由撰稿人方是民（即方舟子）因在湯姆網談學術腐敗和科學打假問題時，對參選中科院院士的華中科技大學同濟醫學院附屬協和醫院泌尿外科主任肖傳國進行了批評，從而引發了一場備受社會關注的名譽權侵權糾紛案。5月28日，北京市第一中級人民法院對此案作出一審判決，駁回了肖傳國要求方舟子、北京雷霆萬鈞網絡科技有限責任公司公開賠禮道歉，消除影響，恢復名譽并賠償精神撫慰金的訴訟請求。
2005年11月4日，方是民（筆名方舟子）在雷霆萬鈞網絡公司所屬的湯姆網進行有關學術打假的訪談節目時，在談到有關肖傳國的內容時，方舟子與湯姆網主持人進行了如下內容的談話：
“方舟子：肖傳國今年申報中國科學院的院士，已進入了第二輪，但是我們看他的學術材料有很多問題，至少是有夸大的嫌疑。比如他發表的論文數實際上很少，這二十年來只在國際期刊上發表過四篇論文，數量少得可憐，所以他為了能夠把自己的論文發表記錄改得好看一點，就把不是論文的東西也都塞到論文中去了，實際上不是論文。
主持人：您最開始怎么關注到這件事？
方舟子：最開始關注這件事是因為這個人同時在美國紐約大學當教師，有些人就提出疑問，他怎么可以同時在中美大學當教師？這樣的人怎么也可以來參選中國中科院的院士？
主持人：中國中科院院士的參選是有一定標準的？
方舟子：對，一般在中美兩國任全職或者在美國任全職的人參選中科院的院士我認為是不恰當的，雖然這件事有爭議。我們先不管這件事，這個人被我們發現了，在美國當全職教師，引起了大家的注意，查找了一些記錄，才發現里面有問題，比如冒充論文的問題，還有他的成果，他提出了一個理論叫做“肖氏反射弧”，是用人名命名的，我查了一下，國際上根本沒有這種說法，是他自己自吹自擂。”在該訪談的最后，方舟子談到，“他也一直在網上攻擊很多真正幫助中國科學發展的美國華人教授，說他們是回國來騙中國人的錢，其實那些人都很正直，所以，那些人的表現，一方面是替搞學術腐敗的人辯護，另一方面是在攻擊那些真正幫助中國科學發展的人。”
對于方舟子的這番談話，肖傳國認為其中有大量完全背離事實的報道和誣蔑，在中科院院士、肖傳國的學生、老師和同事中，以及國內外學術界造成了極大的負面影響，嚴重損害了其名譽權。原告肖傳國作為國際知名的泌尿外科專家，其聲譽受到了極大的影響。方舟子的上述行為給原告造成的精神傷害極其明顯。要求法院判決被告方舟子和雷霆萬鈞網絡公司立即停止對原告的侵害，在網站上對原告公開賠禮道歉，消除影響，恢復名譽。判令二被告賠償原告精神撫慰金10萬元。
雷霆萬鈞網絡公司認為肖傳國屬于公眾人物，應當接受輿論監督，對輿論監督可能造成的輕微損害應當忍受，網站對方舟子訪談的內容沒有對肖傳國構成侮辱或者誹謗。
因訪談中談論肖傳國的方舟子辯稱，自己在訪談中說肖傳國“在美國當全職教師”，有充分事實依據。訪談實錄中涉及肖傳國的多處內容是對《腳踏兩只船的院士候選人》一文相關內容的復述。其所說的“二十多年來只發表過四篇論文”，指的是在國際期刊上發表的論文，“四篇論文”不含國內期刊論文。在訪談中說“學術材料有很多問題，至少是有夸大的嫌疑”，“還有他的學術成果，他提出了一個理論叫做肖氏反射弧，是用他的人名命名的，我查了一下，國際上根本沒有這種說法，是他自己自吹自擂”等，均有事實依據。在訪談中說的 “一直在網上攻擊很多真正幫助中國科學發展的美國華人教授，說他們是回國來騙中國人的錢”，“一方面是替搞學術腐敗的人辯護，一方面是在攻擊那些真正幫助中國科學發展的人”，而沒有明確指是肖傳國。因此，方舟子認為他的言論，有事實與法律依據，并無“詆毀”、“誹謗”、“侮辱”，而是合法言論。
一中院審理認為，公民的名譽權受法律保護，不得以侮辱、誹謗等方式損害他人名譽。故判定公民的名譽權是否受到損害，依據是他人是否對其使用了侮辱、誹謗等方式。同時，公民的言論自由亦為法律所保護，公民在法律許可的范圍內，發表自己的獨立見解，亦不受法律追究。對于公眾人物公開進行否定性評價，屬于正當的批評及爭鳴范疇。無論批評或爭鳴的觀點是否成立，即是否有充分的理論依據，均不構成對批評或爭鳴的相對人的名譽權的侵害。就批評或爭鳴文章使用的言辭而言，過激的言辭，一般也是可以允許的。
在肖傳國訴方舟子和雷霆萬鈞網絡公司案中，爭議焦點為，方舟子在訪談錄中所談內容，是否對肖傳國使用了侮辱、誹謗的語言，是否對肖傳國的名譽構成了侵犯。對此，一中法院在判決書中一一進行了闡述。
一、關于肖傳國的職業身份問題。
一中院認為，職業身份為公民在社會中所從事職業的稱呼，任何合法職業不論其屬性如何，其稱呼均不會對公民的名譽構成侵犯。肖傳國的職業身份為醫學教授，該職業身份不論在中國，或是美國，均是受社會尊重的職業。方舟子在訪談錄對肖傳國的職業身份所提質疑僅為是否為美國全職教授，故該種質疑不論是否準確，均不會對肖傳國的名譽構成損害。至于方舟子就肖傳國的職業身份是否符合中國科學院院士的當選標準的認識，因評選標準的制定歸屬有關部門，方舟子并非評選委員會成員，其看法僅屬個人看法，屬正當的言論范圍。
二、論文問題
一中院認為，論文數量的多少與質量的高低僅為評價學術成果的標準之一。但論文的多寡、質量的高低只關乎學術水準問題，由此產生的爭論應在學術范圍內澄清，他人對此發表的見解與評論屬學術評價問題，而非法律問題。方舟子在訪談中就肖傳國的學術論文的數量及質量表示了質疑。特別是對其發表論文的質量表現出了明顯的不屑，且用語刻薄，但其用語仍不屬污辱、誹謗之范圍。
三、關于對“肖氏反射弧”的評論
一中院認為，“肖氏反射弧”作為一種治療方法的提法有據可查，對肖傳國的“反射弧”相關理論提出異議在學術上是允許的，該種理論在業界被認可的程度為純學術探討與爭論問題，學術上的爭論與分歧應在學術范圍內解決，而非依靠法律來解決學術分歧問題。
綜上所述，在整篇訪談中，方舟子雖使用了諸如“夸大”、“冒充”、“自吹自擂”等令人不快的詞語，但該用語僅屬于一般性過激的言辭，該訪談中并未出現侮辱、誹謗的用語。同時肖傳國作為知名教授、科學院院士候選人，亦應接受學術界及社會對其學術水準所發出的質疑之聲，即便言論有所過激，亦應保持一定的寬容度，以保持正常的爭鳴氛圍。據此，作出了駁回肖傳國訴求的一審判決。
