1.直腸癌：在腸壁上可摸到高低不平的硬塊，其表面可有潰瘍，腸腔常狹窄，指套上往往染有膿血和粘液。
2.直腸息肉：可摸到質軟而可推動的腫塊，指套上常染有血跡。
3.內痔：一般內痔是柔軟的，即使摸到也不能分辨其大小和多少，但如有血栓形成，則可摸到光滑的硬結。
4.肛瘺：可摸到索狀物，有時在肛瘺內口可捫到小硬結或凹陷。
5.肛門直腸周圍膿腫：骨盆直腸間隙膿腫及直腸后間隙膿腫，在直腸內可摸到壓痛性腫塊，表面較光滑。其他間隙膿腫可用拇、食指作雙指觸診檢查，即食指放在直腸內，拇指放在肛周皮膚上，拇、食指觸診，可以發現肛管前深、后深間隙膿腫、坐骨直腸間隙膿腫或肛周膿腫。
6、肛乳頭瘤：可摸到質地中等而可推動的、長蒂腫物，指套干凈。
7、肛門周圍：皮膚病、皮下包塊、炎癥、膿腫、外痔、肛瘺瘺管。
專家指出，在指診檢查中，醫師的食指就是醫生的眼睛，可以發現和診斷大多數的肛門疾病。包括功能性的疾病及器質性的疾病。