在檢查時應注意以下幾點：
動作輕柔，因突然用力將手指插入肛門內，括約肌可因受到刺激而痙攣，產生疼痛，尤其是肛管有裂口、創面時，更要小心，這時可讓受檢者張口呼吸以減少肛門的緊張。
注意肛管的緊張度，正常肛管有較好的收縮力和彈性，僅能伸入一手指。若肛門括約肌松弛，則失去彈性，可進2～3指，并有大便失禁；如肛管的緊張度提高，常提示有炎癥反應。
檢查肛管直腸環，此環是由肛門內、外括約肌和肛提肌、恥骨直腸肌共同構成。此肌環收縮能力強弱可部分反應肛門括約肌的功能。
檢查直腸內，幾乎直腸下段8厘米左右的長度均可觸摸到。應認真地檢查直腸前后左右壁有無壓痛、包塊及狹窄，并注意包塊的大小、硬度、活動度。
檢查結束后，要檢查指套有無血跡或黏液。注意血跡是鮮紅色還是暗紅色；黏液的顏色、性質、氣味如何等，可作為診斷的參考。