阿米巴肝膿腫一般發生在腹瀉癥狀后，短者月余，長則數年。期間由于機體免疫力下降或飲食、營養、肝外傷等而誘發。寄生在腸壁的溶組織內阿米巴大滋養體經門靜脈、淋巴管或直接蔓延侵入肝，大部分被消滅，少數存活的原蟲繼續繁殖引起小靜脈炎和靜脈周圍炎。在門靜脈分支內，由原蟲引起的栓塞、溶解組織及原蟲分裂作用造成局部液化性壞死形成微小膿腫并逐漸融合成肝膿腫。自原蟲入侵到膿腫形成平均需時1個月以上。
肝膿腫通常為單個大膿腫。由于大滋養體分批侵入肝內，故多發性肝膿腫也可發生。肝膿腫大多位于肝右葉頂部，為盲腸及升結腸血液匯集于肝右葉有關，部分可位于左葉，少數可累及左右兩葉。膿腫的中央為壞死灶呈巧克力色，含紅細胞、白細胞、脂肪、壞死組織及夏—雷結晶，膿腫有薄壁，墻上附著阿米巴大滋養體，但未發現過包囊。當膿腫發生繼發感染時，可分離到細菌，膿液轉黃綠色，具臭味，肝膿腫以外的肝炎組織正常。阿米巴肝膿腫不會發展成肝硬化。