近年來腸侵襲性大腸埃希桿菌對各種藥物及抗生素的耐藥性逐年增長，目前對常用抗菌藥物如磺胺、鏈霉素、氯霉素與四環素大多耐藥，臨床療效相應降低。細菌可呈多重耐藥性。所以對于腸侵襲性大腸埃希桿菌抗生素的選擇，應根據當地流行菌株藥敏試驗或患者大便標本培養的結果進行選擇，避免無針對性的濫用。在一定地區內注意輪換用藥。抗菌藥物療效的考核應以糞便培養陰轉率為主，治療結束時陰轉率應達90%以上。常用藥物包括下列幾種：
（1）喹諾酮類藥物 具有抗菌譜廣，口服易吸收等優點，近年耐藥株逐漸增多，耐藥性也可通過質粒介導。對志賀菌感染常用環丙沙星口服，療程3～5天。其他新的喹諾酮類藥物對志賀菌感染也有效。
（2）磺胺甲惡唑/甲氧芐啶（復方磺胺甲惡唑） 療程7天。根據我們使用結果，治愈率可達95%以上。近年來耐藥性逐步增長，療效有下降趨勢。對有磺胺過敏、白細胞計數減少及肝、腎功能不全者忌用。
（3）中藥治療 小檗堿，7天為一療程。或用生大蒜口服，或馬莧煎劑口服，或用白頭翁湯煎劑口服，均有一定效果。