1.胃腸道動力紊亂
IBS患者小腸消化間期移行性復合運動異常，周期明顯縮短，空腸出現較多離散的叢集收縮波，且腹痛發作者中多數與之有關，這些變化在應激和睡眠中更為明顯。
2.內臟感覺異常
研究發現IBS患者多數具有對管腔（直腸）擴張感覺過敏的臨床特征，其平均痛覺閾值下降，直腸擴張后的不適程度增強或有異常的內臟-軀體放射痛，提示脊髓水平對內臟感覺信號處理的異常。
3.精神因素
心理應激對胃腸道功能有顯著影響，它在IBS癥狀的誘發，加重和持續化中起重要作用，相當一部分患者伴有心理障礙，其中以焦慮，抑郁為主。
4.腸道感染
部分IBS患者在發病前有腸道感染史，在由各種病原（包括細菌，病毒，寄生蟲）感染引起的胃腸炎患者中有部分發生腸功能紊亂，有10%可發展為感染后IBS.
5.其他
部分IBS患者的癥狀與食物有關，可加重其癥狀，食物中的纖維發酵可能是過多氣體產生的原因，此外，腸道菌群的紊亂可能也是產生癥狀的原因之一。