腸穿孔需要做如下鑒別。
腸穿孔是傷寒病的嚴重并發癥之一，死亡率較高。腸傷寒病變最顯著處是在回腸末段，病變的淋巴集結發生壞死，粘膜脫落形成潰瘍多在病程的第2～3周，所以，并發腸穿孔也多在此期間。80%的穿孔發生在距回盲瓣50cm以內，多為單發，多發穿孔約占10%一20%。
腸阿米巴病的潰瘍：一般較表淺，但感染嚴重時，也可發生較深的潰瘍而引起腸穿孔；多發生于暴發型的病人，死亡率較高。穿孔常很大，多位于盲腸、闌尾及升結腸，其次為直腸乙狀結腸交界處。穿孔可為單發或多發。
急性腸穿孔的腹痛常突然發生，呈持續性劇痛，常使患者難以忍受，并在深呼吸與咳嗽時加重。疼痛范圍與腹膜炎擴散的程度有關。患者采取仰臥位，兩下肢屈曲，不愿轉動。腹部檢查可見呼吸運動顯著減弱，腹肌板硬，腸鳴音減弱或消失，肝濁音界縮小或消失等，X線檢查可發現膈下有游離氣體。