感染性胃腸炎可因感染病毒、細菌、寄生蟲引起。毒物及藥物可引起化學性胃腸炎。病毒感染是胃腸炎最常見的病因，有多種病毒可引起胃腸炎，最常見的是輪狀病毒，其次是諾沃克病毒、星狀病毒和腸腺病毒。
常見感染途徑有：食物（尤其是海鮮），污染的水源，接觸被感染者，餐具不潔，進食前未洗手等。
