肺泡蛋白沉著癥表現是非特異性的，應與以下疾病相鑒別： ①特發性肺間質纖維化； ②肺泡癌； ③粟粒性肺結核； ④肺實質性疾病如病毒性肺炎、支原體肺炎及衣原體肺炎。
PAP的胸部X線表現需與肺水腫、肺炎、肺霉菌病、結節病、肺部結締組織病、矽肺、卡氏肺囊蟲肺炎及IPF等相鑒別。
