細菌性肺炎
早期肺膿腫與細菌性肺炎在癥狀和X線胸片表現很相似，但常見的肺炎鏈球菌肺炎多伴有口唇皰疹、鐵銹色痰而無大量膿臭痰，X線胸片示肺葉或段性實變或呈片狀淡薄炎癥病變，邊緣模糊不清，沒有空洞形成。當用抗菌藥物治療后仍高熱不退，咳嗽、咳痰加劇并咳出大量膿痰時應考慮為肺膿腫。
空洞性肺結核繼發感染
空洞性肺結核是一種慢性病，起病緩慢，病程長，可有長期咳嗽、午后低熱、乏力、盜汗，食欲減退或有反復咯血。X線胸片顯示空洞壁較厚，一般無氣液平面，空洞周圍炎性病變較少，常伴有條索、斑點及結節狀病灶，或肺內其他部位的結核播散灶，痰中可找到結核分枝桿菌。當合并肺部感染時，可出現急性感染癥狀和咳大量膿臭痰，且由于化膿性細菌大量繁殖，痰中難以找到結核桿菌，此時要詳細詢問病史。如一時不能鑒別，可按急性肺膿腫治療，控制急性感染后，胸片可顯示纖維空洞及周圍多形性的結核病變，痰結核分枝桿菌可陽轉。
支氣管肺癌
支氣管肺癌阻塞支氣管常引起遠端肺化膿性感染，但形成肺膿腫的病程相對較長，因有一個逐漸阻塞的過程，毒性癥狀多不明顯，膿痰量亦較少。阻塞性感染由于支氣管引流不暢，抗菌藥物效果不佳。因此對4O歲以上出現肺同一部位反復感染，且抗菌藥物療效差的患者，要考慮支氣管肺癌引起阻塞性肺炎的可能，可送痰液找癌細胞和纖維支氣管鏡檢查，以明確診斷。肺鱗癌也可發生壞死液化，形成空洞，但一般無毒性或急性感染癥狀，X線胸片示空洞壁較厚，多呈偏心空洞，殘留的腫瘤組織使內壁凹凸不平，空洞周圍有少許炎癥浸潤，肺門淋巴結可有腫大，故不難與肺膿腫區分。
肺囊腫繼發感染
肺囊腫繼發感染時，囊腫內可見氣液平，周圍炎癥反應輕，無明顯中毒癥狀和膿痰。如有以往的X線胸片作對照，更容易鑒別。