肺部真菌感染是由不同病原體引起的過敏、化膿性炎癥反應或形成慢性肉芽腫。引起下呼吸道真菌感染的致病菌分致病性真菌與條件致病性真菌：
①致病性真菌屬原發性病原菌，常導致原發性真菌感染，可侵襲免疫功能正常宿主，免疫功能缺陷的患者易致全身播散。病原性真菌主要有組織胞漿菌、球孢子菌、副球孢子菌、皮炎芽生菌、足癬菌和孢子絲菌病等。
②條件致病性真菌或稱機會性真菌，如念珠菌屬、曲霉屬、隱球菌屬、毛霉和青霉屬、根霉屬、犁頭霉屬、鐮刀霉及肺孢子菌等。這些真菌多為腐生菌，對人體的病原性弱，但宿主存在易患因素時，會導致深部真菌感染，但臨床上也可見到無明確宿主因素的病例。臨床常見真菌病原體包括念珠菌、曲霉、毛霉、隱球菌、組織胞漿菌等。近年來，隨著人口老齡化、器官移植、腫瘤放化療、造血干細胞移植、超廣譜抗生素應用、皮質類固醇激素應用以及各種導管介入治療等，肺部真菌感染的發病率逐年上升。