①痰和下呼吸道采樣培養陽性率不高，特異性低，但在AIDS或其他免疫抑制患者仍有參考價值。
②抗原檢測：多糖抗原檢測隱球菌莢膜特異性高。肺隱球菌病患者血清抗原檢測陽性率<40%，因此提倡應用BALF和胸腔積液送檢。
③組織病理學檢查：凡有條件者應采用經皮或經支氣管肺活檢，進行病理組織學檢查。在肉芽腫或膠凍樣病灶見到典型的有莢膜、窄頸、芽生但無菌絲的酵母型菌，有確診意義。在無宿主因素而影像學提示本病可能時盡可能通過經皮或經支氣管肺活檢確診，以避免不必要的手術。
