肽庫是用于從大批量多肽中篩選極少量具關鍵生物活性的多肽的一種方法，在生物學和化學研究中，肽庫是一種強大的篩選工具，在蛋白質組學及其相關領域應用范圍非常廣泛，如藥物研發、蛋白-蛋白相互作用、抗原表位篩選、GPCR配體篩選、蛋白功能分析、酶底物或抑制劑篩選、信使分子研發及多肽/蛋白信號對答等。
1. 截頭多肽文庫(Truncation peptide libraries)
截頭多肽文庫被用來確認多肽序列中起到活性作用的最短氨基酸序列，截頭多肽文庫的建立方法一般是系統性地去除原多肽序列兩側氨基酸而得到的。假如已知某些起重要作用的氨基酸，那么應該保留這些氨基酸序列然后從肽的另外一端開始逐個去除氨基酸開始篩選。
2. 隨機多肽文庫(Random Peptide Library)
隨機多肽文庫的設計是以20種天然氨基酸通過鳥槍式法(shotgun approach)同時地、隨機地取代被選擇的氨基酸殘基。
3. 單位點掃描多肽文庫(Positional Scanning Library)
單位點掃描多肽文庫是對多肽序列進行優化的一個重要工具，對多肽某個選定的區域或位點被系統地用其他氨基酸替換，通過多肽活性測定以確定這個位點最優的氨基酸。這類肽庫有助于研究人員發現在某個特定位置上具有特殊影響或活性的特定區域。
4. Ala掃描多肽文庫(Alanine Scanning Library)
Ala掃描多肽文庫是鑒別序列中特定氨基酸對多肽功效影響的一種途徑，我們使用Ala依次替換序列中的氨基酸；通過Ala掃描多肽文庫以辨出某一特定氨基酸對整個蛋白結構、功能和其他生物活性的影響。
5. Scrambled Library
Scrambled Library的設計是基于對原有多肽氨基酸序列進行內部置換來實現的。它是突變程度最高的多肽文庫，被打亂的多肽通常被用于作為陰性對照證實某一特定序列是蛋白功能或活性的關健。它也是一個用來發現新目標的隨機篩選工具。
6. 首尾相搭多肽文庫(Overlapping Library)
首尾相搭多肽文庫是用于篩選線性或連續性表位的一種常用手段。這種肽庫的設計主要由肽長(peptide length)和步移(offset
number)兩個參數決定。蛋白從N端開始，逐步向C端截取設計后，最后很有可能會剩下一條孤肽(Orphan
peptide)，我們建議將N端轉移一個或者幾個氨基酸過來，以保持一致長度。
