肽類色譜儀分類有多種。
1、按功能可分：分析型肽類色譜儀和制備型肽類色譜儀。
2、按分離目的可分：實驗室肽類色譜儀和工業肽類色譜儀。
3、按靈敏性可分：微量肽類色譜儀和痕量肽類色譜儀。
4、按分離原理可分：肽類液相色譜儀和肽類毛細管電泳色譜儀等。
5、按分離規模可分：微型肽類色譜儀、小型肽類色譜儀和大型肽類色譜儀。
6、按分離特點可分：肽類色譜儀、高壓肽類色譜儀和高速肽類色譜儀。
